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魚在水中排放的CO2部分溶于水變成碳酸。當向水中通人氧氣或空氣時，CO2可隨氧氣或空氣的擴散而排出，因此自然水體中CO2的分壓一般較低。運輸過程中由于魚的裝載密度較高，水體中的CO2濃度很容易升高。水體中CO2分壓的升高可阻止魚體血液中CO2向外擴散，從而降低肌紅蛋白與氧的結合力，耗氧量減少。密閉容器中，魚類血液的CO2濃度更容易上升，直接影響呼吸中樞，使氧氣消耗量減小。

高濃度CO2對魚類具有一定的麻醉作用，當水體中的CO2 > 50mg/kg時魚體的呼吸次數減少，CO2 > 150mg/kg時，水中pH降為6. 0,不管含氧量是否充足，魚體基本上處于休眠或半休眠狀態。活魚運輸時可用Na2CO3和氧氣除去水中的CO2，也可使含CO2的水通過微孔性半透膜，然后用Ca(OH)2吸收、除去水中的CO2。

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