2004年5月國藥集團醫藥物流有限公司注冊成立，注冊資本3億元人民幣，是國藥控股有限公司的全資子公司，是國家一級搶險、救災、軍需、外援等藥械商品的特種儲備企業。實施24小時值班制已有50多年歷史，成為第一時間急供藥械，拯救生命、維護社會安定的生力軍，被譽為“關愛生命的守護神”。

北京物流中心通過北京市藥品監督管理局檢查，取得《藥品經營許可證》、《醫療器械經營企業許可證》、《藥品經營質量管理規范認證證書》，于2005年獲得中成藥、化學原料藥、化學藥制劑、抗生素、生化藥品、生物制品、麻醉藥品、精神藥品（一、二類）等藥品的第三方儲存和配送資質。

 
北京物流中心占地27000平方米，倉儲面積20000平方米，庫區全部采用中央空調和溫濕度自動實時監控系統，藥品分別儲存于陰涼庫、低溫庫（冷藏庫、冷凍庫）。庫區設置自動立體庫儲位，重型料架儲位，零散儲位。

北京物流中心采用先進的ERP、WMS軟件，AS/RS、電子標簽、RF、SPS、條型碼等設備和技術，并配備近60輛包括救護車、冷藏車在內的各種運輸車輛，充分滿足北京市內收貨、送貨需求，現配送已覆蓋北京市1500多家醫療機構、商業客戶。所有冷藏車輛經過專業驗證，嚴格按照運輸要求的溫度范圍控制車內溫度，所有車輛安裝GPS系統，實時監控車輛位置、車速及車廂內溫度情況。與中鐵快運、郵局、EMS、航空貨運、集裝箱運輸公司簽訂有嚴格的貨運代理協議，根據戶主需求，將貨物門到門的送達全國各地。公司配有全套完善的安全保障系統，包括安防系統、報警系統、消防系統、門禁系統、供電系統和斷電保護系統。

北京物流中心建立有完整的質量管理體系，包括公司級質量方針、質量目標、一級質量手冊、二級控制程序文件、三級作業流程、作業指導書等，并有完善的風險控制體系。

目前國藥物流為多家國內外生產企業、藥品流通企業、零售連鎖企業提供儲存和配送業務。國藥物流使用最新的技術、采用最優方法、制定新的質量標準，成功引進ISO9001質量管理體系，為客戶提供“專業、量身、彈性和速度”的第三方物流服務。